Jaguaquara nasceu na Fazenda Toca da Onça, que em 1840 pertenceu a Manoel Esteves de Souza, época em que foi inventariada, por morte de sua mulher Maria Tereza de Jesus. Feita a partilha, ficou a fazenda pertencendo a Manoel Inácio Barreto e sua esposa Maria Cândida de Jesus, filha do citado casal. Com o falecimento de Manoel Inácio Barreto e sua mulher, ficou a fazenda pertencendo a sua filha Maria Francisca de Jesus, sendo registrada pelo seu tutor em 12 de junho de 1858. Passando-a posteriormente a Manoel Coelho Lima que a vendeu em 16 de junho de 1877 a Fortunato Coelho & Cia. Firma estabelecida em Aratuípe, Estado da Bahia, a qual foi sucedida pela firma Pinho Avelar & Cia. Que juntamente a Antônio Gomes Pita organizou uma sociedade comercial sob a denominação de Gomes Pita & Cia, instalada na sede da fazenda Toca da Onça, extinguindo-se em 1895, com o falecimento do sócio Antônio Gomes Pita. Em julho de 1896, Fortunato Pinho Avelar & Cia e Guilherme Martins do Eirado e Silva fundaram uma sociedade mercantil com a denominação de Guilherme Silva & Cia., sediada na fazenda Toca da Onça. Tendo ficado como sócio gerente da companhia, o Coronel Guilherme transferiu sua residência para a fazenda Toca da Onça em 2 de julho de 1896. Começa, assim, a verdadeira história de Jaguaquara. Em 1915 consegue uma importante vitória; foi aprovada e sancionada a Lei nº 174 de 05 de outubro de 1915, que mudou para Jaguaquara a denominação do povoado Toca da Onça. Denominação que segundo Teodoro Sampaio, famoso engenheiro civil baiano, em língua indígena Tupi traduz a sua origem primitiva: JAGUAR -onça, QUARA -toca. A sede do município de Jaguaquara foi elevada à categoria de cidade pela Lei nº 1673 de 30 de agosto de 1923. Na divisão administrativa pertinente ao ano de 1933, são os distritos de Jaguaquara, Itiruçu e Rio Preto que constituem o município. Havendo várias modificações no seu quadro territorial ficou finalmente estabelecido, pelo Decreto-Lei estadual nº 141 de 31 de dezembro de 1943, que o município ficaria composto dos seguintes distritos: Jaguaquara, Apuarema, Ipiúna e Itiruçu. No entanto, o Decreto estadual nº 12978 de 01 de junho de 1944 restabeleceu o município de Itiruçu, cujo território foi desanexado do de Jaguaquara, que ficou constituído apenas de três distritos: Jaguaquara, Apuarema e Ipiúna. Posteriormente, o distrito de Apuarema foi elevado a categoria de município tendo o seu território desanexado do de Jaguaquara, logo, o município de Jaguaquara é composto pelos distritos de Jaguaquara.
