Com vantagem no placar, o Bahia recebeu o Fortaleza, no jogo de volta das quartas de final da Copa do Nordeste, na primeira partida eliminatória da Fonte Nova em 2016. O Esquadrão passou sufoco mas garantiu o resultado necessário para avançar para as semis. Com um a menos desde o primeiro tempo, o Tricolor empatou com o Fortaleza em 1 a 1. No primeiro tempo, o Bahia teve a chance de abrir o placar em pênalti cobrado por Thiago Ribeiro, mas o goleiro Ricardo Berna defendeu. Após desperdício, o Tricolor viu o Fortaleza crescer no jogo, chegando a colocar uma bola na trave da meta defendida por Lomba. Pouco depois da metade da etapa inicial, o volante Paulo Roberto foi expulso após levar o segundo cartão amarelo, deixando o torcedor preocupado. Com um a mais, o Leão do Pici tomou a iniciativa ofensiva da partida, mas abusou de perder gols. No segundo tempo, Doriva tentou recompor o sistema de defesa, mas o gol do Fortaleza acabou saindo aos 20 minutos, com Eduardo, que tinha acabado de entrar. Precisando de mais um gol para se classificar, o time cearense dominou as iniciativas da partida. Em boa chance após contra-ataque, o Bahia tinha a oportunidade de empatar, mas João Paulo Gomes, após receber sozinho, jogou a bola por cima do gol. Quando o Fortaleza pressionava, a bola sobrou para Thiago Ribeiro na direita. Ele parou, esperou a passagem dos companheiros e rolou na entrada da área para Juninho. O meia, que já tinha feito os dois gols do triunfo do Tricolor no jogo de ida, mandou uma bomba indefensável para o goleiro Ricardo Berna. Com o empate, o Bahia garantiu a vaga nas semifinais da Copa do Nordeste por ter vencido o primeiro jogo por 2 a 1. No agregado, o Tricolor venceu por 3 a 2. Na próxima fase, o Bahia enfrentará o Santa Cruz.
